Фамилия Карутин — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская или финно-угорская, но оформлена по русской модели. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Карутин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Карута. Модель типична для северных и центральных областей России, где -ин так же распространён, как -ов.

Самая вероятная версия — от тюркского имени или прозвища Карут (вариант: Карута). В тюркских языках «кара» — чёрный, «ут» — огонь, трава, или имя. «Чёрный огонь» — могло быть прозвищем смуглого, вспыльчивого человека или воина. Менее популярная, но возможная версия — от финно-угорского корня, например, «karu» (медведь) в карельских или вепсских говорах. Тогда Карута — «медвежий», «медвежатник». В пользу этого говорит география: фамилия встречается на Урале, в Кировской области и в Пермском крае — зона активных контактов русских с коми и удмуртами.

В русской среде фамилию могли переосмыслить. В диалектах слово «карута» иногда означало «коряга», «кривое дерево» или «засохший пень». Если предок жил в лесистой местности, прозвище Карута могло привязаться к человеку нелюдимому, угрюмому или просто кривому. Но это уже вторичное народное переосмысление.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком. В ней нет типичных славянских суффиксов профессий (-арь, -ец, -ник). Это чистое прозвище, превращённое в фамилию. Однокоренных русских фамилий почти нет — Карутины, скорее всего, локальная группа, не разошедшаяся широко. По сословному составу — скорее крестьяне или однодворцы южных уездов, но точных данных нет. Фамилия не дворянская, не купеческая, в старых гербовниках не зафиксирована.