Фамилия Каруту — редкий случай, когда географический и языковой след почти наверняка ведёт не в русские земли, а на юг, в Молдову и Румынию. В русском языке нет корня «карут», который мог бы дать прозвище или имя, зато в румынском слово cărunt означает «седой, седовласый». Фамилия Каруту — это, скорее всего, молдавская или румынская фамилия, записанная на слух: Căruntu (седой) или Căruntu с ударением на последний слог, что при передаче кириллицей дало форму «Каруту». Исходное прозвище давали человеку с преждевременной сединой или просто пожилому мужчине с заметной проседью.

Суффикс -u в румынских фамилиях — типичный показатель мужского рода (ср. Lupu — волк, Ursu — медведь). В русском языке такая модель не встречается, поэтому фамилия Каруту стоит особняком среди привычных -ов, -ин и -ский. Если бы фамилия была исконно русской, она скорее звучала бы как Карутов или Карутин, но даже в таком виде её основа осталась бы тёмной. Отсутствие таких вариантов подтверждает иноязычное происхождение.

В России и странах бывшего СССР фамилия Каруту встречается редко и, как правило, у людей с молдавскими или гагаузскими корнями. В самой Молдове вариант Căruntu — не самый частый, но вполне узнаваемый. Социального барьера у неё не было: прозвище по внешности могли дать и крестьянину, и боярину, но в массе своей носители такой фамилии — выходцы из сельской среды, где прозвища цеплялись особенно прочно.

Других убедительных версий нет. Предположения о связи с тюркским karut (кара — чёрный) или с литовскими корнями не выдерживают проверки: ни в одном из этих языков нет слова, которое бы фонетически и семантически совпало с Каруту. Румынская гипотеза остаётся единственной рабочей.