Фамилия Карышена — один из тех случаев, когда географическое положение носителей сразу подсказывает путь разгадки. Это исконно сибирская фамилия, и её основа напрямую связана с тюркским миром. В основе лежит слово «карыш» — в татарском, башкирском и других тюркских языках оно означает «мера длины», примерно равная расстоянию от большого до указательного пальца, то есть «пядь». Прозвище Карыш могли дать человеку невысокого роста, либо тому, кто часто отмерял что-то «на глаз», «на пядь», например, портному или землемеру.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ен- в сочетании с окончанием -а указывает на принадлежность. Фамилия образована по схеме «чей?» — Карышен(a), то есть «жена или вдова Карыша», либо «дочь Карыша». В русской ономастике фамилии на -ена, -ина нередко закреплялись за женщинами, но впоследствии, как и большинство фамилий на -а, стали передаваться по мужской линии в неизменном виде. Таким образом, корень фамилии — мужское прозвище Карыш.

Интересно, что в Сибири, особенно среди староверов и старожилов, фамилии на -ена встречаются чаще, чем в центральной России. Это связано с тем, что в условиях изолированного проживания за фамилией закреплялась форма родительного падежа женского рода, которая затем становилась родовой. Поэтому Карышена — яркий пример сибирского антропонимического типа, который сформировался на стыке русской модели и тюркского прозвища.

Встречается редкий вариант написания — Каришена, с буквой «и» в корне. Это может быть следствием акающего произношения или диалектной особенности, но смысл остаётся тем же: «пядь» или «маленький, короткий». Никакой связи с карими глазами или каретой здесь нет — это чисто тюркская основа, адаптированная русским суффиксом.