Фамилия Карзуничева — редкая, и её разбор требует внимания к суффиксальной части. Она образована по модели, типичной для северных и центральных областей России: основа плюс суффикс -ич, а затем патронимический суффикс -ев. Получается, что перед нами форма отчества: Карзунич — сын Карзуна. Женский вариант Карзуничева возник как указание на принадлежность к роду, главу которого звали Карзунич.

Корень фамилии — Карзун. Это слово не встречается в современном русском литературном языке, но его можно реконструировать из диалектной лексики. В говорах северо-запада и Поволжья «карзать» или «карзун» могло означать «ворчун», «брюзга», «скряга». Сравните с однокоренным «карга» (в значении «старая сварливая женщина») или диалектным «карзить» — «придираться, капризничать». Таким образом, прозвище Карзун давали человеку с неуживчивым, требовательным или прижимистым характером. Впрочем, не исключён и вариант происхождения от тюркского имени или прозвища: в тюркских языках есть корни «кар» (снег) или «кара» (чёрный), но для фамилии с суффиксом -ун это менее вероятно — русская модель словообразования здесь первична.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, а также к Вятке. В метрических книгах XIX века Карзуничевы встречаются среди государственных крестьян и мещан. Сословный состав неширокий: это не дворянский род, а фамилия, закрепившаяся в крестьянской и городской среде Русского Севера. Интересная деталь: в некоторых переписях фамилия записывалась через «ы» — Карзунычев, что указывает на вариант окончания, характерный для северных говоров (ср. Иванычев вместо Ивановичев).

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Карзунов встречается чаще, а Карзуничев — более редкая форма, подчёркивающая именно отчество второго поколения (внук Карзуна). В современном употреблении фамилия сохранилась в единичных семьях, преимущественно на Вологодчине и в Санкт-Петербурге.