Фамилия Карзунин образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или мирского имени через суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин крепится к основам на -а, -я, поэтому исходное слово здесь — Карзуня. Это либо ласкательное, либо уничижительное образование от основы «карз-».

Что стоит за этой основой — вопрос, на который нет одного ответа. Самое прямое объяснение лежит в диалектах. В архангельских и вятских говорах «карза» — это коряга, суковатый пень, сухой кривой сук. Человек мог получить прозвище Карзуня за внешнее сходство: сутулый, корявый, нескладный. В этом случае фамилия — из числа «лесных» прозвищ, которые давали по приметной внешности, как, скажем, Корягин или Суков.

Другой вариант — фиксация профессиональной или бытовой черты. В тех же северных говорах глагол «карзить» означал «упрямиться, капризничать, делать наперекор». Карзуня — упрямец, человек с норовом. Это объяснение тоже имеет право на жизнь: прозвища по характеру в крестьянской среде давали не реже, чем по внешности.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «карзы» — «долг, ссуда». В русских фамилиях тюркские корни чаще встречаются с суффиксом -ов (Карзин, Карзов), а форма на -ин для них нетипична. Поэтому версия с диалектным русским словом выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, географически привязана к северу и северо-востоку России: единичные записи встречаются в Вологодской, Кировской и Архангельской областях. Это косвенно подтверждает севернорусское происхождение — именно там бытовали слова «карза» и «карзить». Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Карзунин — это «сын Карзуни», человека, которого в деревне прозвали за корявую фигуру или за упрямый нрав. Фамилия не вычурная, а бытовая, из тех, что прямо и без прикрас описывали своего первого носителя.