Фамилия Казунин образована от прозвища или обиходного имени Казуня, и здесь возможны две основные версии происхождения. Первая связывает основу с диалектным словом «казак». В некоторых говорах казаком называли не только представителя военного сословия, но и статного, рослого, удалого или бойкого человека. Поэтому прозвище Казуня могло указывать как на род занятий предка, так и на особенности его внешности или характера. Вторая версия выводит Казуню из уменьшительной формы имени Казимир (от старославянского «объявлять мир», «показывать миролюбие»). В этом случае фамилия — не от прозвища по роду деятельности, а от крестильного имени, которое в быту сократили до более простого звучания.

Сама фамилия относится к распространённому в славянской ономастике типу на -ин. Такие фамилии обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я: Казуня → Казунин, то есть «сын Казуни». Модель широко представлена у восточных, западных и южных славян, что делает фамилию самобытным памятником славянской культуры.

Выбрать одну из версий со стопроцентной уверенностью сложно. Фамилия могла закрепиться в разных местностях по разным причинам: где-то предок действительно служил казаком, где-то выделялся статью, а где-то получил в быту сокращение от имени Казимир. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Казунин можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований в конкретных архивах.