Фамилия Казунин по своей словообразовательной модели — классический пример отчества с суффиксом -ин. Этот суффикс в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Казунин, то есть сын или потомок Казуни. Основа здесь — прозвище или имя Казуня. Такая модель широко представлена у восточных, западных и южных славян, но у каждой ветви — свои фонетические особенности.

Самое вероятное объяснение корня — связь с прозвищем Казуня, которое восходит к слову «казак». В русских говорах казаками называли не только представителей военного сословия, но и вообще статных, рослых, удалых или бойких людей. Так что прозвище Казуня могло указывать либо на род занятий предка (служилый человек, вольный поселенец на окраине), либо на его внешность и характер. Фонетический переход «казак → Казун(я)» объясняется просто: в диалектах, особенно южнорусских, гласные в безударном положении редуцировались и смешивались, так что «казак» в бытовой речи легко превращалось в «казук» или «казун», а оттуда — в ласкательное Казуня.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование. Казуня могло быть производной формой мужского имени Казимир. Старославянское «казати» означало «объявлять, показывать», а «мир» — «мир, спокойствие». Имя Казимир, таким образом, переводится как «объявляющий мир» или «показывающий миролюбие». В народной среде длинные имена часто усекали: Казимир → Казик, Казуня. Если принять эту версию, фамилия Казунин — не от прозвища по занятию, а от домашнего имени, данного при крещении.

Какая из версий правдоподобнее? Первая — с «казаком» — выглядит убедительнее, потому что опирается на живую диалектную лексику и объясняет звуковой облик фамилии без натяжек. Вторая — с именем Казимир — возможна, но менее типична для русских фамилий: имя Казимир исторически было популярнее у поляков и литовцев, а у русских встречалось редко, в основном в западных регионах. В любом случае, обе гипотезы сходятся в одном: фамилия образована от личного именования — прозвища или уменьшительного имени, — которое закрепилось за предком как основное, а потом перешло к потомкам в форме отчества на -ин.

Интересная деталь: в русской ономастике фамилии на -унин, -унин встречаются реже, чем на -ин от основ на -а/-я, но Казунин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Казаков, Казанин, Казанцев. Все они так или иначе отталкиваются от корня «казак» или «Казань», но Казунин выделяется именно диалектным, «стяжённым» произношением основы. Это даёт подсказку, где искать корни рода: скорее всего, в южнорусских или среднерусских говорах, где аканье и редукция гласных были нормой.