Фамилия Касперский образована от мужского личного имени Каспер, которое было широко распространено в Центральной Европе до XVIII века. Само имя Каспер (варианты — Каспар, Гаспар) древнее, и его происхождение вызывает споры. Наиболее правдоподобной считается версия о персидском корне со значением «обладатель сокровищ» или индийском — «путник». Реже имя возводят к санскритскому gataspa («мастер, учитель»), но эта гипотеза слабее и не имеет надежного лингвистического обоснования.

Фамилия оформлена по польской модели с суффиксом -ский (в исконном прочтении -ски). В польской традиции такие фамилии указывали либо на принадлежность к роду (потомок Каспера), либо на связь с местностью — например, с топонимом Каспри (местечко в Ольштынском повяте). Второй вариант менее вероятен, но возможен: в этом случае прозвище Касперский закреплялось за человеком, который жил в таком селении или владел им.

Несмотря на польскую основу, фамилия встречается у украинских, белорусских и еврейских семей. Исторические документы это подтверждают. В Книге памяти Хабаровского края записан польский крестьянин Болеслав Адольфович Касперский (1905 г.р., деревня Прасницы Минской губернии). В Книгу памяти Омской области внесен белорусский священник Николай Константинович Касперский (1888 г.р., село Бусяж Гродненской губернии). Эти записи показывают, что фамилия бытовала в разных сословиях — от крестьян до духовенства.

Самый известный носитель — Евгений Валентинович Касперский, российский программист и основатель «Лаборатории Касперского», лауреат Государственной премии (2009).