Фамилия Каукина — женская форма фамилии Каукин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Каука. Искать корни этого прозвища стоит в украинском глаголе «кавкать», который означает «каркать», «гавкать» или «пищать». Чередование согласных В и У — характерная черта украинской фонетики, поэтому исходная форма «кавка» превратилась в «каука». Скорее всего, прозвище Каука дали человеку с особенным голосом или манерой речи: картавому, тому, кто говорил отрывисто или пискляво.

Существует и альтернативная, но менее убедительная версия, которая возводит прозвище к литовскому слову «каукас» — так в балтийской мифологии называли духа-домового, покровителя хозяйства и помощника мужчинам. Эта гипотеза правдоподобна лишь в том случае, если предки носителей фамилии жили на пограничных с Литвой территориях, но для фамилии с явным славянским суффиксом -ин украинская версия выглядит органичнее.

Суффикс -ин в фамилии Каукин указывает на принадлежность: «сын Кауки» или «из семьи Кауки». Такая модель типична для северных и центральных регионов России, куда фамилия могла попасть вместе с переселенцами из украинских земель. Фамилия редкая, в дореволюционных справочниках почти не встречается — это говорит о её позднем закреплении или локальном бытовании в какой-то одной местности.