Фамилия Каймаканова — женская форма фамилии Каймаканов, и её происхождение стоит искать в прозвище или роде занятий. Основа «каймак» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «сливки» или «пенка, снятая с топлёного молока». Это лакомство, которое ценилось в кочевой и полукочевой культуре. Соответственно, Каймаканом могли прозвать либо любителя сливок, либо, что вероятнее, человека, который их делал или продавал — своего рода молочника или сыровара.

Суффикс «-ов» в мужской форме указывает на принадлежность: Каймаканов — сын Каймакана. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, и в данном случае она наложилась на тюркскую основу. Это говорит о том, что предки носителей фамилии, скорее всего, жили в зоне активных русско-тюркских контактов: в Поволжье, Приуралье, Сибири или на Северном Кавказе. Фамилия встречается среди татар, башкир и русских, имевших смешанное происхождение.

Менее распространённая версия связывает «каймак» с диалектным глаголом «каймачить» — промышлять мелкой торговлей или хитростью. В этом случае прозвище могло относиться к плутоватому торговцу. Однако эта гипотеза слабее: «каймак» как сливки — более прямой и частотный корень в тюркских языках, чем редкий русский диалектизм.

Фамилия Каймаканова не относится к числу древних дворянских: её носители — выходцы из крестьян, мещан или казачества. В дореволюционных метрических книгах Каймакановы встречаются в Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниях. География указывает на бытование фамилии именно в тех краях, где молочное скотоводство и приготовление каймака было обычным делом.