Фамилия Кайра — редкий случай, когда прозвище могло быть дано как по внешнему сходству, так и по месту жительства или занятию. В основе лежит слово «кайра» — так на севере России, особенно на побережье Белого и Баренцева морей, называют морскую птицу из семейства чистиковых. Птица эта известна своим шумным нравом и характерной внешностью: чёрно-белое оперение, прямой клюв. Прозвище Кайра могли дать человеку с резким голосом, суетливому или, наоборот, с заметной внешностью — например, со светлыми бровями и тёмными волосами, напоминающими окраску птицы.

Однако есть и вторая, не менее правдоподобная версия. В тюркских языках, прежде всего в казахском и татарском, «кайра» означает «точильный камень» или «оселок». В этом случае фамилия могла возникнуть как профессиональное прозвище точильщика — мастера, который правил ножи, косы и другой инструмент. С учётом того, что в Поволжье и Средней Азии фамилии на -а, -ов, -ев образуются от тюркских корней, вариант с ремеслом выглядит не менее весомым.

Суффикса в фамилии нет — она представляет собой чистую основу без форманта, что характерно для фамилий, закрепившихся в документах прямо из прозвища. В русской традиции такие фамилии встречаются реже, чем патронимы на -ов или -ин, и обычно указывают на позднюю фиксацию или нерусское происхождение. Фамилия Кайра могла остаться без изменений у потомков переселенцев из тюркских регионов или у поморов, где прозвища часто переходили в фамилии без добавления суффиксов.

Географически фамилия встречается в нескольких разрозненных очагах: на русском Севере (Архангельская область, Карелия), в Татарстане и Башкортостане, а также среди казахов. Эта разбросанность подтверждает, что у фамилии как минимум два независимых источника — поморский и тюркский. Встретить Кайру в одном регионе и Кайрова в другом — нормально: суффикс -ов в тюркской среде добавляли при русификации фамилий, а на Севере форма без суффикса сохранялась чаще.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Кайров, Кайранов) показывает, что вариант без окончания — исходный, а не усечённый. Он старше и конкретнее: называет человека не «сыном такого-то», а прямо по прозвищу. Поэтому носитель фамилии Кайра может с равной вероятностью оказаться потомком поморского рыбака или охотника на морского зверя — либо потомком точильщика из татарской слободы.