Фамилия Казачинин — отчество второго порядка, образованное по цепочке: Казак → Казачин → Казачинин. Иначе говоря, Казачинин — это внук Казака, сын Казачина. Чередование к/ч (Казак — Казачин) — естественный исторический процесс в русском языке, когда суффикс -ин присоединяется к основе, оканчивающейся на заднеязычный согласный.

В основе фамилии лежит прозвище Казак. Само слово «казак» заимствовано из тюркских языков, где qazaq могло означать «скитаться, бродить», «смелый, проворный», «зверь, отлучившийся от стада» или «неженатый, холостой». Поэтому прозвище Казак давали не обязательно человеку, имевшему отношение к казачьему сословию. Его мог получить вольный, независимый человек, одиночка, бродяга или тот, кто по характеру напоминал отбившегося от стада зверя.

Фамилия Казачинин — самобытный памятник славянской культуры, но точное место и время её возникновения установить без серьёзных генеалогических изысканий сложно. Подобные отчества второго порядка были характерны для северных и центральных областей России, где модель «внук по деду» дольше сохранялась в быту. Окончание -ин указывает на принадлежность роду: «чей?» — Казачинин, то есть из семьи Казачиных.