Фамилия Кексин — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с языками финно-угорской группы. Основная территория бытования таких фамилий — европейская часть России и Прибалтика, где исторически расселялись эти народы. В основе фамилии лежит прозвище или имя Кекса, и у него есть сразу несколько версий происхождения, каждая из которых по-своему интересна.

Самая вероятная версия отсылает нас к коми языку. Глагол «киксыны» означает «хихикать». Скорее всего, прозвище Кекса получил человек смешливый, любивший пошутить и посмеяться. Однако есть и другая коми-основа — глагол «коксьыны» («мотыжить, рыхлить, разгребать землю»). В этом случае прозвище указывало бы на род занятий: Кексой могли назвать земледельца или того, кто работал с землёй.

Не менее интересна связь с марийским языком. Прилагательное «кÿкшӧ» переводится как «высокий». Если принять эту версию, то прозвище Кекса носило описательный характер и указывало на высокий рост своего обладателя. Наконец, существует гипотеза, что имя Кекса восходит к коми-слову «кöксю» — «кукушкин лен» (растение). В языческой традиции имя-оберег, данное по названию растения, должно было сделать ребёнка «своим» для природы и передать ему полезные свойства этого растения.

Словообразовательная модель проста: к основе Кекс- добавился типичный русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Кексы). Таким образом, Кексин — буквально «потомок Кексы».

В архивных записях фамилия фиксируется в Оренбуржье. Известны Константин Ефимович Кексин (1899 года рождения) и Фёдор Ефимович Кексин (1887 года рождения), оба уроженцы села Варваринское Каширинского района (ныне Оренбургская область). Это подтверждает, что фамилия бытовала в южно-уральском регионе, куда переселенцы из северных и центральных губерний часто приносили свои прозвища, в том числе и заимствованные у местных финно-угорских народов.