Фамилия Хабаргина женская, мужской вариант — Хабаргин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Хабарга. В русских говорах слово «хабарга» имело несколько значений, и чтобы понять, какое из них породило фамилию, нужно смотреть на регион и контекст. Самое прямое и распространённое: хабарга — это кабарга, сибирское копытное, мускусное животное. Прозвище Хабарга могли дать человеку за ловкость, быстроту, осторожность или за какие-то внешние черты, напоминающие этого зверька. В охотничьей среде такое прозвище было бы вполне естественным.

Но есть и вторая, менее очевидная линия. В некоторых диалектах «хабарга» означала не только зверя, но и «находка, удача, прибыль» (от тюркского «хабар» — весть, известие, а затем и «барыш»). В этом случае Хабаргой могли прозвать удачливого торговца, счастливчика, того, кто «хабаргу словил» — то есть неожиданно разбогател или нашёл что-то ценное. Такая версия объясняет фамилию не через зоологию, а через социальную характеристику: предок был либо везунчиком, либо человеком, умеющим извлекать выгоду.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Хабаргин, то есть сын или потомок Хабарги. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а, -я. Фамилия довольно редкая, и её география тяготеет к северным и сибирским регионам — там, где водилась кабарга и где сильны были промысловые традиции. Встречается она и в Забайкалье, и на Урале, что косвенно подтверждает первую, «охотничью», версию.

Однокоренные фамилии — Хабаргин, Хабаргов, Кабаргин. В написании через «о» (Хобаргин) тоже возможен вариант, но он ещё реже. Спор между зверем и удачей остаётся открытым, но обе версии имеют под собой реальную лексическую основу, и выбирать, какая из них ближе, стоит только по семейным преданиям или по точному месту происхождения рода.