Фамилия Хабарухина — женская форма фамилии Хабарухин. В отличие от большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов/-ев или -ин, эта фамилия принадлежит к более редкой модели — на -их/-ых (в мужском роде Хабарухин, а не Хабарухов). Такие фамилии типичны для северных и центральных регионов России, особенно для Архангельской, Вологодской, Вятской областей. Они часто обозначали принадлежность к целому роду или дому: «из дома Хабарухиных» — отсюда форма именительного падежа множественного числа.

Основа фамилии — прозвище Хабаруха. В его корне лежит слово «хабар», которое в русских говорах имело несколько значений: удача, барыш, прибыль, а также взятка. В словаре Даля «хабар» — это «барыш, нажива, пожива». Следовательно, Хабарухой могли прозвать удачливого человека, того, кто умел добыть выгоду, или, напротив, взяточника и мздоимца. Суффикс -ух(а) в прозвищах придавал экспрессивный, часто сниженный оттенок (сравните: вор — воруха, грязный — грязнуха).

Версия о происхождении от тюркского имени Хабар (в переводе «весть, известие») менее вероятна: суффикс -уха нехарактерен для адаптации тюркских основ, и фамилии на -их/-ых редко образовывались от крестильных имён.

Таким образом, предок носительницы фамилии Хабарухина, скорее всего, получил прозвище за характер или род занятий — возможно, он был человеком удачливым в торговле или, напротив, тем, кто «имел хабар» на службе. Фамилия осталась в той форме, которая прямо указывает на семейное прозвище рода, и закрепилась в северорусской ономастической традиции.