Фамилия Хабурина — женская форма, мужская — Хабурин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Хабура, а в нём — диалектное слово «хабура». В разных говорах у него несколько значений: так могли называть неповоротливого, неуклюжего человека (от «хабура» — мешок, куль), либо, наоборот, бойкого и шумного (ср. «хабурить» — шуметь, буянить). Встречается и третий оттенок: в некоторых областях «хабурой» называли мелкую рыбу или сорную траву — прозвище могло достаться рыбаку или тому, кто «мелковат» статью.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Хабурин, то есть сын или потомок Хабуры. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а/-я, и в этом смысле Хабурин стоит в одном ряду с Пушкиным, Репиным, Кузьминым.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским говорам. Слово «хабура» особенно характерно для рязанских, тамбовских и воронежских диалектов — именно оттуда, скорее всего, и пошла фамилия. Встречается она и на Урале, но уже как принесённая переселенцами.

Спорных версий немного. Иногда пытаются связать Хабурина с тюркским «хабур» (весть, известие), но это натяжка: в русских говорах слово живёт самостоятельно, без заимствованного следа. Версия с диалектной основой и прозвищным происхождением — самая прямая и надёжная.

Сословно фамилия не элитарная: Хабурины — это крестьяне и мещане, люди, получившие фамилию по уличному прозвищу, а не по роду занятий или имени святого.