Фамилия Ханапин — редкий пример, где арабское имя легло в основу русской фамилии через тюркское посредничество. Разберём её по косточкам.

Основа фамилии — мужское личное имя Ханапи (или Ханапей). Это диалектный вариант арабского имени Ханиф, которое означает «истинно верующий», «правоверный». В исламской традиции ханиф — это человек, исповедующий единобожие ещё до прихода пророка Мухаммеда. В тюркских языках, особенно у татар и башкир, имя приобрело форму Ханапи, где конечный гласный — результат адаптации арабского звучания к местной фонетике.

Суффикс -ин указывает на модель образования, характерную для русских фамилий: «чей?» — Ханапин, то есть сын Ханапи. Это типичная притяжательная форма, как Иванов или Петров. Фамилия возникла на территории, где русские фамильные модели накладывались на тюркские имена — скорее всего, в среде татарского или башкирского дворянства, купечества или духовенства, которые в XV–XIX веках активно входили в состав Российского государства и принимали русские фамилии.

Географически фамилия Ханапин тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам с компактным проживанием татар и башкир. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её можно встретить в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях. Носители фамилии — потомки тех, кого при крещении или при записи в сословные списки записали по отцу: Ханапин, то есть «из рода Ханапи».

Стоит отметить, что ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Ханапи́н, что типично для фамилий тюркского происхождения, адаптированных русским языком. Встречается и вариант Хана́пин, но он менее распространён.

Других версий, например связи с греческим или славянским корнем, у фамилии нет — её семантика и ареал однозначно указывают на исламский Восток.