Фамилия Ханаповы — редкая и, на первый взгляд, неочевидная по корням. Если отбросить типичный для русских фамилий суффикс -ов, остаётся основа Ханап. Она не встречается в старых славянских именословах, что сразу указывает на иноязычное происхождение. Скорее всего, перед нами тюркский или арабо-тюркский след.

Наиболее правдоподобная версия связывает основу с тюркским словом «хан» (владыка, правитель) и аффиксом -ап, который мог быть частью личного имени или прозвища. В тюркских языках распространены имена типа Ханап, Ханапий, образованные от арабского «ханаф» (правоверный, последователь ислама) или от «хан» + «ап» (почтенный, старший). В любом случае, значение корня уходит в социальную или религиозную сферу: предок мог быть человеком уважаемым, либо его так прозвали за связь с ханской властью или за набожность.

Географически фамилия Ханаповы тяготеет к регионам, где исторически смешивались русские и тюркские народы: Поволжье (Татарстан, Башкирия), Оренбуржье, отчасти Сибирь. Встречается в основном у русских, но с явной примесью тюркской крови — такие фамилии часто получали крещёные татары, башкиры или чуваши, переходившие в православие. Суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что фамилия оформлялась уже в русской среде по модели отчества.

Интересна и альтернативная версия: Ханапов могло быть вариантом фамилии Ханафин или Ханафеев, где корень восходит к арабскому «ханафи» (приверженец ханафитского мазхаба). Но в таком случае мы ожидали бы окончание -ев или -ин, а не -ов. Поэтому версия с тюркским прозвищем выглядит убедительнее.

В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется, что типично для поздних, «окраинных» фамилий. Скорее всего, Ханаповы — это потомки служилых людей или крестьян, получивших фамилию при переписях конца XIX века, когда фиксировали прозвища, а не род занятий. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией нет, что делает её чисто родовой, бытовой меткой.