Фамилия Ханатаев — редкая и неочевидная. Её основа «Ханатай» не встречается в святцах и не является формой крестильного имени, поэтому ключ к разгадке — в тюркском корне. Скорее всего, в основе лежит арабское слово «ханат» (предательство, измена), которое через тюркские языки вошло в обиход как прозвище. Однако значение могло быть иным: в некоторых тюркских наречиях «ханат» означает «крыло» или «сторона». Тогда прозвище Ханатай — человек с «крылом», то есть покровитель, защитник, или тот, кто стоит «сбоку», наособицу.

Модель образования проста: к основе «Ханатай» добавили русский патронимический суффикс -ев, который крестьяне и горожане получали при переписях. Это указывает, что фамилия сформировалась на русской почве, но её носитель, скорее всего, имел тюркские или кавказские корни. Суффикс -тай характерен для многих тюркских имён и прозвищ (Кудатай, Ахметтай) и часто обозначает ласкательную или уменьшительную форму.

География фамилии узкая. По данным современных телефонных справочников и архивов, большинство Ханатаевых сосредоточено в Дагестане и соседних регионах Северного Кавказа. Это подтверждает версию о тюркско-кавказском происхождении: предки могли быть кумыками, ногайцами или представителями других тюркоязычных народов региона, которые в XIX–XX веках получили русские фамилии.

Спорный момент — возможная связь с арабским «ханафи» (приверженец одного из мазхабов ислама). Но фонетически «Ханатай» ближе к «ханат», чем к «ханафи», а суффикс -ев закрепил именно эту форму. Поэтому версия с «крылом» или «изменой» выглядит правдоподобнее, хотя точное значение прозвища теперь уже не восстановить — слишком мало письменных источников.