Фамилия Ханкин образована от имени или прозвища Ханка. Основа здесь — не тюркский титул «хан», а уменьшительная форма крестильного имени Харитон или, реже, Феофан. В народной речи Харитон превращался в Харю, Харьку, а далее — в Ханю, Ханьку. То же самое с Феофаном, который давал варианты Фофан, Фаня, Ханя. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ханкин буквально значит «сын Ханки» или «человек из семьи Ханки».

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда отчество на -ин закреплялось за потомками. Если предок носил прозвище Ханка, то его дети записывались как Ханкины. Со временем форма упростилась, и фамилия стала звучать как Ханкин — без наращения -ов, характерного для фамилий от основ на твёрдый согласный.

Интересная деталь: в некоторых говорах «ханка» означало не только имя, но и скупого, жадного человека — от диалектного глагола «ханить» (бранить, порицать). Впрочем, эта версия менее вероятна: прозвища с таким значением обычно давали по конкретному поведению, а не по отвлечённому качеству. Чаще всего фамилия всё же восходит к имени.

Географически Ханкины встречаются в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Там имя Харитон было распространено, а местные говоры охотно укорачивали и «обкатывали» полные формы до коротких прозвищ. Фамилия не редкая, но и не массовая: по переписям XIX века она фиксируется в крестьянской среде, реже — среди мещан.

Если сравнивать с однокоренными — Харитонов, Харитошин, Харькин — Ханкин стоит особняком: в нём исчез исходный корень, осталась только ласкательная основа, что делает этимологию неочевидной для носителя. Человек с такой фамилией, не зная истории, вряд ли догадается, что его предок звался Харитоном.