Фамилия Ханкишиев — редкий случай, когда географическое происхождение почти не вызывает споров, а вот внутренняя форма слова допускает разные прочтения. Основа фамилии — азербайджанское или кумыкское имя Ханкиши. Оно составное: «хан» (титул правителя) и «киши» (человек, мужчина). В буквальном переводе Ханкиши значит «человек хана», «ханский человек». Это не имя в привычном для славян понимании, а скорее социальное прозвище или указание на службу: так могли назвать приближённого хана, дружинника, управляющего или даже раба, принадлежавшего ханскому роду.

Суффикс «-ев» в конце фамилии — типичный русский патронимический формант, который присоединяли к тюркским основам при адаптации в русской среде. В отличие от азербайджанских фамилий на «-лы», «-заде» или «-оглы», форма Ханкишиев говорит о том, что носители фамилии оказались в русскоязычном делопроизводстве, вероятно, на Кавказе или в Закавказье во времена Российской империи. Фамилию зафиксировали по отцу: Ханкишиев — сын Ханкиши.

Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Ханки́шиев. Иногда встречается вариант Ханкиши́ев — с ударением на третий слог, что ближе к тюркскому произношению, где ударение обычно на последнем слоге основы.

Стоит отметить, что фамилия почти не встречается за пределами бывших республик СССР и имеет ярко выраженную региональную привязку к Азербайджану и Дагестану. В русских переписях XIX — начала XX века она не фиксируется, что указывает на её относительно позднее оформление — уже в советских паспортных столах, когда тюркские имена переводили в фамилии по русской модели. Из-за редкости фамилия не попала в основные ономастические словари, но её разбор по составу — прозрачный случай взаимодействия тюркской антропонимики с русской словообразовательной системой.