Фамилия Ханычев образована от прозвища Хан. Вопреки распространённому мнению, здесь почти наверняка нет связи с тюркским титулом «хан» — в русской среде такое прозвище было бы слишком высоким и неестественным для простого человека. Скорее всего, в основе лежит уменьшительное или пренебрежительное имя Ханя, которое могло произойти от крестильного имени Харитон (в народной форме Харя, Ханя) или от редкого имени Феофан (где конечное «ан» давало вариант Хан). Такая модель сокращения имён до первого слога и добавления суффикса -я типична для русской бытовой речи: Степан — Степа, Иван — Ваня, Харитон — Ханя.

Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: Ханычев буквально означает «сын Ханыча», то есть потомок человека по имени или прозвищу Ханыч. Форма на -ич в прозвище (Ханыч) встречалась в северных и центральных русских говорах как вариант отчества или ласкательного имени. Таким образом, фамилия Ханычев — типично русская, патронимическая, возникшая не позднее XVII века.

Географически фамилия привязана к среднерусской полосе. По данным переписей и архивов XIX века, Ханычевы чаще всего встречались в Вятской, Костромской и Нижегородской губерниях. В этих краях прозвище Ханя закрепилось за крестьянами и посадскими людьми, не имеющими отношения к знати. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — она оставалась простонародной.

Встречается ошибочное написание через «о» — Хонычев, но оно единично и связано с диалектным аканьем. Правильная форма с буквой «а» в корне закрепилась в официальных документах. Сегодня фамилия редкая, её носители живут в основном в Поволжье и на Урале, куда переселялись вятские крестьяне в XIX веке.