Фамилия Ханыченков — пример того, как одна буква в суффиксе меняет историю. На первый взгляд, перед нами типичная русская фамилия с патронимическим суффиксом -ов, указывающая на потомка человека по имени или прозвищу Ханыченко. Но само это имя — украинского или южнорусского происхождения: суффикс -енко (в русской адаптации -енк-) традиционно означает «маленький» или «сын». То есть Ханыченко — это «сын Ханыки», а Ханыченков — уже «сын (или внук) Ханыченко». Так фамилия прошла двойную ступень: сначала уменьшительное имя в украинской среде, затем обрусение через добавление -ов.

Корень «Хан-» в этом случае, скорее всего, не связан с монгольским титулом. В народной среде так могли прозвать человека за властный, «ханский» характер, но чаще это просто сокращение от православного имени Харитон (в диалектах — Ханя). В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) форма Ханыка рассматривается как производное от Харитон через промежуточное Ханя, Ханька. Таким образом, предок носителя фамилии, вероятно, был Харитоном, которого в быту звали Ханыкой, а его сына уже записали как Ханыченко.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям и украинским землям, откуда в XIX веке переселенцы принесли её на Дон и Кубань. В переписных книгах и ревизских сказках она встречается редко, что говорит о её позднем закреплении: фамилии на -енков (а не на -енко) — это, как правило, результат канцелярской унификации в XIX веке, когда украинскую форму «подгоняли» под великорусский стандарт. Встречаются варианты написания: Ханиченков, Ханычёнков, но исходная форма с буквой «ы» после «н» сохраняет произносительную норму южных говоров.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — казаками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже подтверждает её народное, «низовое» происхождение. Сегодня Ханыченковы встречаются в основном в Ростовской, Волгоградской областях и Краснодарском крае — там, где история смешала русский и украинский диалекты.