Фамилия Ханыченкова — женская форма фамилии Ханыченков, и её разбор стоит начать с неочевидного: с суффикса. Основа здесь не «хан» в значении восточного правителя, хотя первое желание — связать фамилию с тюркским титулом. Суффикс «-ченк(ов)» указывает на украинское или южнорусское происхождение. В украинской ономастике суффикс «-енк(о)» — типичный патронимический, означающий «сын такого-то» или «потомок». Форма «-ченков» — это русифицированный вариант украинской фамилии на «-енко»: от Ханыченко сделали Ханыченков, добавив русский суффикс принадлежности «-ов». То есть предок носителя фамилии, скорее всего, был выходцем с территории современной Украины или юга России, где такие фамилии массово возникали в XVII–XVIII веках.

Теперь о корне. Если отбросить суффиксы, остаётся «Ханыч». Это уменьшительно-ласкательная или прозвищная форма от имени Хан. Но Хан — не обязательно титул. В русских документах XVI–XVII веков встречается имя Хан (Ханка) как вариант крестильного имени Иоанн (Иван) у южных славян и в пограничных с тюркским миром землях. Есть и другая версия: прозвище Хан могли дать человеку за гордый нрав, властность или за службу в татарских отрядах. Однако более правдоподобно, что Ханыченковы — потомки человека по имени Хан, а не обладателя титула. На это указывает сам суффикс «-енко»: патронимы на «-енко» почти всегда образуются от личных имён (Иван → Иваненко, Петр → Петренко, Хан → Ханенко), а не от титулов или прозвищ, хотя исключения бывают.

Географически фамилия Ханыченков (и её женская форма) тяготеет к Курской, Белгородской, Воронежской областям и к востоку Украины — регионам, где активно смешивались русское, украинское и тюркское население. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия встречается среди государственных крестьян и однодворцев, то есть не в дворянской среде. Однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные границы Московского государства, что тоже объясняет, почему у них могло быть имя или прозвище тюркского происхождения.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Ханин, Ханов, Ханихин — все они от того же корня «хан», но образованы по разным моделям. Ханыченков стоит особняком благодаря украинскому суффиксу, который в русском языке превратился в «-ченков». Это редкий случай, когда фамилия сохранила следы миграции предков: из малороссийского говора в великорусский.