Фамилия Харахоркин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, звукоподражательное или описательное прозвище, причем с явным тюркским следом. Ключ к разгадке — корень «хара-» или «кара-», который в тюркских языках означает «черный» (как в фамилиях Караев, Карамышев). Вторая часть «-хор» может восходить к тюркскому «хор» или «кур» — «глухой», «слепой», либо к глаголу со значением «смотреть», «видеть». Таким образом, прозвище Харахорка могло означать «черноглазый» (от «кара кёз») или, в более грубом варианте, «плохо видящий», «подслеповатый». Учитывая, что для русских фамилий характерна адаптация тюркских основ через суффиксы, версия с «черными глазами» выглядит предпочтительнее: прозвище по яркой внешности давали часто.

Суффикс «-кин» указывает на принадлежность: Харахоркин — сын или потомок Харахорки. Это типичная для северных и центральных областей России модель образования фамилий (ср. Фомин, Ильин). В южных и западных регионах чаще использовали бы суффикс «-ов» (Харахорков), так что география фамилии сужается: наиболее вероятно её возникновение в бывших Рязанском, Владимирском или Нижегородском княжествах, где смешение славянского и тюркского населения было особенно интенсивным.

Фамилия не дворянская и не купеческая — её носители, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей. В дореволюционных метрических книгах она встречается редко, что говорит о локальном бытовании: Харахоркины могли жить в одной-двух волостях и не расселяться широко. После отмены крепостного права фамилия могла «уйти» в города, но до сих пор остается малочисленной. В современной России она встречается единично, преимущественно в Поволжье.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Карахоркин, Харахоров) показывает, что исходное прозвище могло писаться и через «о» (Хорохорка), но форма с «а» закрепилась под влиянием «акающего» произношения. Двойное «р» в корне — результат народной этимологии: носители могли переосмыслить незнакомое тюркское слово как близкое к русскому «хорохориться» (задорный, бойкий), хотя это вторичное сближение.