Фамилия Харахоркина — женская форма мужской фамилии Харахоркин. Она образована от прозвища Харахорка, а в его основе лежит тюркское слово «кара» — «чёрный». Вторая часть, «хорка», скорее всего, восходит к монгольскому или тюркскому «хор» — «гнев, злость, сила». Таким образом, прозвище Харахорка могло означать «чёрный гнев» или «чёрная сила» — так в прошлом называли человека с суровым, вспыльчивым нравом, либо того, кто внушал страх окружающим. Есть и более прозаичная версия: в некоторых говорах «хорьком» называли хитрого, пронырливого человека, а «кара» лишь усиливало оттенок — «чёрный хорёк», то есть крайне изворотливый тип.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Харахоркин — «сын Харахорки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. Встречается фамилия преимущественно в южных регионах России и в Поволжье, где исторически сильны тюркские влияния. Интересно, что в некоторых документах XIX века фиксируется вариант Хархоркин — без первой гласной «а», что могло возникнуть из-за редукции в безударном положении или как самостоятельная форма.

Сословной принадлежности у фамилии нет: её носителями были крестьяне, мещане, казаки. Встречаются единичные упоминания о Харахоркиных среди староверов, но это скорее случайность, чем закономерность. Известных людей с такой фамилией в истории не зафиксировано, что делает её особенно ценной для локальной генеалогии — каждый носитель может претендовать на уникальность своего рода.