Фамилия Харитония напрямую связана с именем Харитон, которое пришло к нам из греческого языка. В переводе оно означает «благодатный» или «радостный» — такое имя давали ребёнку с пожеланием счастливой и светлой жизни. Сама фамилия отвечает на вопрос «чей?» и указывает на потомка человека по имени Харитон, причём форма Харитония встречается реже, чем привычные Харитонов или Харитоненко, что делает её особенно интересной для тех, кто ищет свои корни.

Образование фамилии идёт по типичной для русской ономастики модели: к основе имени добавляется суффикс, который закрепляет принадлежность. В данном случае суффикс -ия (в сочетании с конечным -н-) создаёт форму, напоминающую грецизированные или книжные варианты фамилий, которые могли возникнуть в среде духовенства или образованных слоёв населения. Впрочем, нельзя исключать и простонародный путь: в некоторых говорах фамилии с таким окончанием фиксировали как усечённую или изменённую форму отчества.

Покровителем имени считается преподобный Харитон Исповедник, и его история добавляет фамилии глубину. Он родился в Малой Азии, в городе Икония, и пострадал за веру во время гонений на христиан при императоре Аврелиане. После того как Харитон получил свободу, он отправился в паломничество в Иерусалим, но в пути его схватили разбойники и отвели в пещеру. От гибели святого спасла змея: она отравила своим ядом сосуд с вином, из которого пили преступники, и они умерли, а Харитон остался жив. Он поселился в той пещере, устроил в ней церковь, и вскоре вокруг него собрались последователи. Так возникла Фаранская лавра — первая монашеская обитель в Иудейской пустыне.

Эта житийная история не только объясняет смысл имени, но и показывает, почему фамилия могла быть особенно распространена в церковной среде. Священники, монахи и их дети нередко получали фамилии, образованные от имён почитаемых святых, причём в греческой традиции форма с окончанием -ия звучала естественно и благозвучно. Поэтому носители фамилии Харитония, вероятно, имеют предков либо из духовного сословия, либо из тех регионов, где ощущалось сильное влияние греческой книжности и православной культуры.

Встречается фамилия преимущественно на юге России и в областях, исторически связанных с Украиной и Белоруссией, где подобные формы фамилий фиксировались чаще. Впрочем, точную географию расселения носителей фамилии без специальных генеалогических исследований назвать сложно — в архивных документах фамилия могла записываться по-разному: Харитония, Харитонья, а иногда и с ошибками писцов, что создаёт дополнительные трудности для исследователей.

Если говорить о значении для современного носителя, то фамилия Харитония — это не просто указание на предка по имени Харитон, но и напоминание о целом пласте православной культуры, где имена святых становились семейными знаками. Разбор фамилии показывает, что её носители могут гордиться редкой формой, которая выделяет их среди множества более распространённых однокоренных фамилий и хранит память о древней традиции имянаречения.