Фамилия Харитонкин — один из тех редких случаев, когда суффикс выдаёт не просто происхождение, а конкретную модель образования, почти исчезнувшую в XX веке. Основа здесь очевидна: каноническое мужское имя Харитон (от греческого харис — «милость», «благодать»). Но ключевой элемент — суффикс -кин.

В русской ономастике суффикс -ин и его вариант -кин обычно указывают на принадлежность: «чей?» — Харитонкин, то есть «сын (или потомок) Харитонки». А Харитонка — это уменьшительная, обиходная форма имени Харитон. Такие «полуотчества» на -кин (Петрушкин, Васькин, Мишкин) были особенно распространены в северных и центральных губерниях России, где фамилии часто застывали в форме притяжательного прилагательного от разговорного варианта имени. В южных и западных регионах ту же функцию чаще выполнял суффикс -енко (Харитоненко).

Таким образом, Харитонкин — фамилия не от полного церковного имени, а от его домашней, «кухонной» версии. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был скорее крестьянином или посадским человеком, а не духовным лицом или дворянином: в среде высших сословий фамилии образовывали от полных форм (Харитонов). Интересно, что фамилия Харитонкин встречается гораздо реже, чем Харитонов или Харитоненко, и её географическая привязка довольно узкая — преимущественно Вологодская, Костромская и Кировская области. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он жил на Русском Севере или в Вятском крае, где любили уменьшительные формы и долго сохраняли архаичную модель именования «по дедушке».