Фамилия Харитоноп — редкий образец, который сразу выбивается из привычного ряда русских фамилий. Если бы она оканчивалась на -ов, -ин или -ский, вопросов бы не было: перед нами был бы потомок человека по имени Харитон. Но суффикс -оп в русской ономастике не встречается. Это не русская, а греческая модель фамилии.

Основа здесь — каноническое мужское имя Харитон (от греческого «харис» — милость, красота, радость). В православных святцах это имя известно по преподобному Харитону Исповеднику, основателю нескольких палестинских монастырей. Фамилии с греческим окончанием -опулос, -опуло, -оп часто встречаются у греков, в том числе у греков Приазовья и понтийских греков, переселявшихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках.

Скорее всего, Харитоноп — русифицированный вариант греческой фамилии Харитонопулос или Харитонопуло. В русской среде греческие фамилии нередко усекали, отбрасывая часть окончания, чтобы сделать их короче и привычнее для русского уха. Таким образом, Харитоноп означает «сын Харитона», то есть потомок человека, которого звали Харитон.

Географически фамилия тяготеет к югу России: Краснодарский край, Ростовская область, Ставрополье — регионы, где исторически селились греки. Встречается она и на Украине, в частности в Мариуполе и окрестностях. Носители фамилии — потомки греческих переселенцев, которые сохранили в своей фамилии память о родовом имени, но адаптировали её к русской письменной традиции.

Других версий происхождения у Харитоноп нет: попытки вывести её из тюркских или кавказских языков не находят подтверждения, а суффикс -оп для славянских фамилий нехарактерен. Фамилия остаётся живым свидетельством греческого следа в истории России.