Фамилия Харитонычев — редкий пример того, как полное крестильное имя становится основой для отчества, а затем и фамилии, но с характерным северорусским суффиксом. В отличие от привычных Харитонов или Харитоненко, здесь работает модель на -ычев, которая в XVI–XVII веках была распространена в архангельских, вологодских и вятских землях. Суффикс -ыч (в родительном падеже -ычев) указывал на прямое отчество: Харитоныч — сын Харитона. Со временем это отчество застыло в фамилии, сохранив архаичную форму.

Основа — каноническое имя Харитон (от греческого χάρις — «милость», «благодать»). В святцах имя появилось через византийских святых, в русском быту оно было довольно популярно в крестьянской и купеческой среде, особенно в северных регионах. Харитонычев — буквально «потомок того, кого звали Харитон».

Географически фамилия тяготеет к бывшим новгородским землям и Русскому Северу. В переписях XVII века встречаются крестьяне Харитонычевы в Вологодском уезде и на Устюге Великом. Позже фамилия могла сместиться на Урал и в Сибирь вместе с переселенцами. В современных справочниках она остаётся малочисленной — носителей насчитываются единицы или десятки, что делает её ономастическим раритетом.

Интересно, что суффикс -ычев в фамилиях часто путают с -ичев, но разница принципиальна: -ычев образуется от основ на твёрдый согласный (Харитон → Харитоныч), а -ичев — от основ на мягкий (Илья → Ильич). В фамилии Харитонычев это чередование сохранилось в полной мере, и ударение падает на второй слог: Харито́нычев, а не Харитоны́чев.

Сословно предки Харитонычевых, скорее всего, были государственными или монастырскими крестьянами, реже — посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для «патронимических» фамилий на -ычев — они редко поднимались выше мещанства.