Фамилия Харкомица — редкий случай, когда написание подсказывает происхождение точнее, чем произношение. В ней отчётливо читается западный, скорее всего польский или белорусский, корень. Основа «Харком-» восходит к польскому charkom или charkot, что связано со звукоподражанием хрипу, кашлю, клокотанию (ср. польское charkać — «харкать»). Прозвище Харкомица могли дать человеку с хриплым голосом, либо тому, кто постоянно откашливался, прочищал горло. Такие прозвища по физиологическим особенностям — не редкость в славянской антропонимии, и они часто становились фамилиями без дополнительных суффиксов.

Окончание «-ица» — ключевая деталь. Это характерный суффикс для польских и белорусских фамилий, указывающий на принадлежность или происхождение. В польском языке суффикс -ica (в русской передаче -ица) часто образовывал фамилии от прозвищ или названий профессий: например, Kowalica (от кузнеца), Zając — Zająca (род. падеж, ставший фамилией). Фамилия Харкомица, вероятно, застыла в форме родительного или именительного падежа женского рода, что типично для польской модели: «сын Харкомы» или «человек из рода Харкомы». Само прозвище Харкома — уменьшительно-уничижительная форма от того же корня (ср. польское charkoma — «хрипун»).

Географически фамилия тяготеет к восточным землям бывшей Речи Посполитой — современной Западной Беларуси, Подлясью или Волыни. Встречается она крайне редко; в современных базах данных носители единичны, что указывает на локальное бытование, возможно, в одной-двух деревнях. При переходе в русскую среду окончание «-ица» сохранилось без изменений, что необычно: обычно такие фамилии русифицировали, добавляя «-ов» (Харкомов) или меняя на «-ин» (Харкомин). Но Харкомица осталась в исходной форме — это говорит либо о поздней миграции носителей (уже после закрепления фамилий), либо о сильной местной традиции.

Других версий, например, связи с тюркскими или финно-угорскими корнями, нет — звуковой состав и словообразовательная модель однозначно указывают на славянскую, точнее западнославянскую, основу. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они происходят из мелкой шляхты или крестьян западных губерний Российской империи, а прозвище родоначальника было связано с его голосом — хриплым, сиплым или громким, «клокочущим».