Фамилия Харьковщенко образована от топонима Харьков - крупнейший город на востоке Украины, второй по величине город Украины. Основателем города считается мифический казак XVI — начала XVII веков - Харько (по его имени город и получил свое название). Вероятно, основатель фамилии Харьковщенко был уроженцем или жителем города Харькова. Согласно другой гипотезе, фамилия Харьковщенко восходит к производной форме мужского крестильного имени Харитон (в переводе с греческого - «щедрый») или Харисим («приятный») - Харек. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Харек, со временем получил фамилию Харьковщенко.