Фамилия Харькова чаще всего происходит от производной формы крестильного имени Харитон — Харек. В переводе с греческого Харитон означает «щедрый», и именно эта уменьшительная форма легла в основу фамилии. Такая модель типична для русских фамилий: народные варианты церковных имен часто вытесняли полные формы в повседневном обиходе, а затем закреплялись в фамилиях.

Суффикс -ов в окончании указывает на притяжательное значение: Харькова — это буквально «дочь или жена Харека». Если говорить о роде занятий предков, то, скорее всего, основатель рода был выходцем из рабочей или крестьянской среды — в дворянской среде чаще использовали полные формы имен, а просторечные уменьшительные варианты были распространены именно среди простых людей.

Существует и вторая версия, связанная с именем Харисим. Это греческое имя означает «приятный», и его производная форма — тоже Харек. Обе гипотезы опираются на одно и то же прозвище, поэтому различить, какое именно имя носил предок, уже невозможно. Впрочем, для понимания происхождения фамилии это не критично: в обоих случаях мы имеем дело с каноническим греческим именем, адаптированным в народной среде.

Отдельно стоит рассмотреть версию о связи с топонимом Харьков. Город на востоке Украины, второй по величине в стране, получил название, по преданию, от имени мифического казака Харько, жившего в XVI — начале XVII века. Если следовать этой гипотезе, фамилия Харькова могла указывать на уроженца или жителя Харькова. Однако эта версия менее убедительна: фамилии, образованные от названий городов, обычно имеют суффиксы -ский или -цов (например, Харьковский), а форма Харькова органичнее ложится в ряд отчественных фамилий от личного имени.

Интересно, что фамилия Харькова встречается и в мужском, и в женском варианте, что характерно для русской ономастики. В целом, наиболее вероятным представляется происхождение от имени Харек, а топонимическая версия, хоть и имеет право на существование, выглядит вторичной.