Фамилию Харьковенко обычно разбирают по двум линиям, и обе ведут к топониму, а не к личному имени. В её основе — название города Харьков. Суффикс -енко характерен для украинской антропонимии и означает «маленький», «потомок» или «ученик». Таким образом, первичное значение фамилии — «потомок (или житель) из Харькова». Модель образования проста: от названия города отняли окончание и прибавили патронимический суффикс.

Вторая, менее очевидная версия, связывает фамилию с прозвищем Харько. Это уменьшительная форма от крестильного имени Харитон (греч. «благодатный», «щедрый»). В украинской традиции имя Харитон давало целый ряд производных: Харитоненко, Харитонюк, а также Харько, Харьков, Харьковенко. Если исходить из этого корня, то Харьковенко — «внук или сын Харька», то есть Харитона. Выбрать между двумя версиями сложно: географическая привязка к крупному городу выглядит логичнее для фамилии с таким узнаваемым звучанием, но и имя Харитон было весьма распространено на Слобожанщине, так что обе гипотезы имеют право на существование.

Географически фамилия Харьковенко — типичная для восточной Украины, особенно для Харьковской, Сумской и Полтавской областей. В России встречается реже, чаще в приграничных с Украиной регионах (Белгородская, Курская, Воронежская области). Интересно, что фамилия не зафиксирована в старых московских боярских списках — это однозначно поздняя, крестьянская или казацкая фамилия, возникшая не раньше XVII–XVIII веков, когда шло активное заселение Слободской Украины.

С точки зрения словообразования, в этом родовом имени нет ничего редкого: суффикс -енко — один из самых продуктивных в украинской ономастике. Но сама фамилия примечательна тем, что её носитель, даже если он никогда не жил в Харькове, носит в своей фамилии прямую отсылку к этому городу или к его основателю — воеводе Харько (если верить легенде). В любом случае, Харьковенко — фамилия, которая звучит как географическая метка, указывающая на корни из региона, где когда-то смешались украинские казаки, переселенцы с Правобережья и русские служилые люди.