Мужское крестильное имя Харитон в переводе с греческого означает «щедрый». В основу же фамилии легла производная форма имени — Харек. Возможно также, что фамилия Харькин восходит к производной форме мужского крестильного имени Харисим (греческое, «приятный») - Харек. Согласно еще одной гипотезе, данная фамилия образована от топонима Харьков - крупнейший город на востоке Украины, второй по величине город Украины. Основателем города считается мифический казак XVI — начала XVII веков - Харько (по его имени город и получил свое название). Не исключено, что основатель фамилии Харькиных был уроженцем или жителем города Харькова. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Харек, со временем получил фамилию Харькин.