Фамилия Харькин звучит так, будто напрямую отсылает к городу Харькову, но эта связь, скорее всего, вторична. Основа фамилии — не название города, а старинное русское имя или прозвище Харько. Чаще всего это производная, уменьшительная форма крестильного имени Харитон, которое в переводе с греческого означает «щедрый». Таким образом, буквальное значение фамилии — «сын Харитона», «тот, кто пошёл от Харека». Суффикс -ин указывает на принадлежность конкретному человеку, что типично для фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный.

Однако имя Харько могло возникнуть и от другого греческого имени — Харисим, что переводится как «приятный». Обе версии имеют право на существование, и в бытовой речи обе формы сокращались до одинаково звучащего «Харько». Правдоподобнее выглядит первая гипотеза: имя Харитон было распространено заметно шире, чем редкое Харисим, поэтому и производных форм от него в народе бытовало больше. Спор о происхождении основы здесь не принципиален для носителя фамилии — в любом случае предок носил имя с положительной, «щедрой» или «приятной» характеристикой.

Отдельно стоит сказать о мифическом казаке Харько, который, по преданию, основал город Харьков в XVI — начале XVII века. Эта легенда породила устойчивое заблуждение, что фамилия Харькин связана с уроженцами этого города. На деле всё наоборот: сначала имя Харько бытовало как личное прозвище по всей южной Руси, а уже от него пошли и название города, и фамилия. Поэтому утверждать, что предок носителя фамилии был жителем Харькова, можно лишь как маловероятную гипотезу. Скорее фамилия возникла там, где имя Харько было распространено — в центральных и южнорусских землях, задолго до того, как город на востоке Украины стал крупным центром.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную народную форму имени, которая почти исчезла из современного именослова. В церковных записях использовали полное имя Харитон, а в быту — Харько. Со временем эта бытовая форма закрепилась в фамилии, что делает её живым свидетельством того, как на самом деле звучала речь наших предков. Редкость фамилии объясняется тем, что она образована не от канонического имени, а от его разговорного варианта, который не всегда попадал в официальные документы.