Фамилия Харьковой — это женская форма фамилии Харьков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа фамилии — «Харько». На первый взгляд, напрашивается связь с городом Харьков, но это неверный путь: фамилия образована не от названия города, а от имени или прозвища.

«Харько» — это одна из народных, обиходных форм крестильного имени Харитон (от греч. «харис» — милость, красота). В русских говорах имя Харитон сокращали до Хари, Харя, а затем и до Харько. Суффикс -ко в украинской и южнорусской традиции был очень распространён: он придавал имени ласкательно-уменьшительный оттенок. Таким образом, Харько — это «маленький Харитон» или просто «Харитон» в бытовом общении.

Фамилия Харьков, а значит и Харькова, образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ов. Первоначально она означала «сын Харька» или «человек из семьи Харька». Такая модель — от имени с суффиксом -ко плюс -ов — характерна для восточнославянских фамилий, особенно для выходцев с территорий современной Украины и юга России. Поэтому предки носителей фамилии Харькова, скорее всего, были крестьянами или мещанами, жившими в этих регионах, и получили фамилию по своему предку, которого в быту звали Харько.

Любопытная деталь: в некоторых диалектах слово «харько» могло быть не только именем, но и прозвищем, связанным с глаголом «харкать» — то есть «плевать». Однако эта версия менее вероятна: прозвища по физиологическим действиям встречаются реже, чем производные от имён, и обычно имеют более грубый оттенок. В ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) фамилии на -ко и -ков от имён — одна из самых массовых групп, так что «именная» версия остаётся основной и самой правдоподобной.

Фамилия Харькова не относится к редким: её можно встретить в разных регионах России, особенно в областях, граничащих с Украиной, а также в самой Украине. Ударение в фамилии обычно падает на первый слог: Ха́рькова.