Фамилия Харьковцова — женская форма фамилии Харьковцов, которая образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов-. Но интерес здесь не в суффиксе, а в основе: она явно восходит к топониму Харьков. Однако связь не прямая, а через промежуточное прозвище или фамилию.

В основе Харьковцова лежит слово «харьковец» — житель или уроженец города Харькова. Такие названия жителей по городам (киевлянин, москвич, туляк) часто становились прозвищами и затем фамилиями. Суффикс -ец в слове «харьковец» указывает на принадлежность к месту, а уже от этого прозвища с помощью патронимического суффикса -ов- образовалась фамилия Харьковцов. То есть буквально: «сын харьковца». Это типичный случай для русских фамилий XVIII–XIX веков, когда человека записывали не по его личному имени, а по месту, откуда он родом или где жил.

География бытования фамилии Харьковцов (и Харьковцова) сосредоточена не в самой Украине, а в южных и центральных областях России — в Воронежской, Курской, Белгородской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае. Это объяснимо исторически: после присоединения Слобожанщины к России и в ходе заселения южных земель в XVIII–XIX веках выходцы из Харькова и окрестностей переселялись в эти регионы, и прозвище «харьковец» закреплялось за ними уже на новом месте. Таким образом, носители фамилии Харьковцова — потомки тех, кого когда-то в своей среде называли «харьковцами», то есть людьми из Харькова или его округи.

С точки зрения словообразования фамилия редкая: она не от имени Харько (уменьшительного от Харитон), а именно от названия города. В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) подобные модели описываются как «фамилии от названий жителей». Споров о происхождении почти нет — версия с топонимом Харьков самая прямая и логичная, и альтернативные гипотезы (например, от некоего личного имени Харько) выглядят слабее, так как суффикс -ец в основе явно указывает на принадлежность к месту, а не на имя.