Фамилия Харотонов — редкий пример, где ошибка в написании закрепилась в официальном документе и стала родовой. Её основа — это искажённое каноническое имя Харалампий (от греческого «харалампия» — сияющий радостью). В русской народной традиции это имя часто упрощали до форм Харлам, Харлампий, а от них образовывали фамилии Харламов, Харлампов, Харлампиев. Но в случае Харотонова произошла замена: суффикс -онов присоединили к основе, где «м» перешло в «н» (под влиянием просторечного произношения или описки писаря). В результате возникла фамилия, звучащая так, будто её произвели от имени Харотон — а такого имени в святцах нет.

Суффикс -ов указывает на классическую модель образования: «чей?» — сын Харотона. То есть родоначальник носителей этой фамилии, скорее всего, был записан в ревизских сказках или метриках как Харотон (или Харотоний), хотя на самом деле его звали Харалампий. Такие «фонетические дублёры» встречаются в крестьянской среде XIX века, где грамотность была низкой, а писарь записывал имя на слух.

Географически фамилия редкая, сосредоточена в центральных и южных губерниях России — там, где имя Харалампий было относительно употребимо среди крестьян и мещан. В дворянской среде эта фамилия не зафиксирована: слишком явно видна «простонародная» замена звука. С точки зрения словообразования, Харотонов стоит в одном ряду с фамилиями вроде Харитонов (от Харитон) и Харламов, но отличается от них именно дефектом записи.

Если сравнивать с однокоренными, то Харотонов — «младший брат» Харламовых: оба восходят к одному источнику, но первый получил менее благозвучную форму. Сегодня носители фамилии могут столкнуться с тем, что их путают с Харитоновыми, но этимологически это разные линии — Харитон происходит от греческого «харис» (милость), а Харотонов — от «харалампий» (свет радости). Так что за необычным написанием скрывается вполне ясная история: ошибка писаря, которая стала фамилией.