Фамилия Харюков образована от прозвища или нецерковного имени Харюк. В основе этого прозвища лежит диалектное слово «харя», которое в разных говорах имело разную окраску: от нейтрального «лицо, рожа» до грубого «морда, маска». В старину Харюком могли назвать человека с выразительными, крупными чертами лица или, напротив, того, кто любил гримасничать и кривляться. Учитывая, что в русской традиции внутрисемейные прозвища нередко давались по внешности, эта версия — самая прямая и правдоподобная.

Менее вероятно, но возможно, что основа «хар-» восходит к тюркскому «хар» (снег) или к древнерусскому «харить» (чистить, скоблить). Однако в таком случае мы бы ожидали фамилий вроде Харов или Харин с иной суффиксацией. Формант -юк в фамилии Харюков — уменьшительно-ласкательный или принадлежностный суффикс, характерный для южнорусских и украинских земель. Он указывает на то, что прозвище Харюк могло означать «маленький Харя» или «сын Хари». В дальнейшем фамилия оформилась стандартным русским патронимическим суффиксом -ов, то есть «сын Харюка».

Географически фамилия Харюков тяготеет к южнорусским областям — Курской, Воронежской, Ростовской, а также встречается на Украине. В ревизских сказках и переписных книгах XVIII–XIX веков носители фамилии чаще всего числились однодворцами или государственными крестьянами. Никаких дворянских родов с этой фамилией в гербовниках не зафиксировано — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали метко и без обид.

Однокоренные фамилии — Харютин, Харюшин, Харюковский — различаются суффиксами, но восходят к тому же корню. Встречается и вариант написания Харюков с двойным «к» (Харюкков), но это редкая орфографическая ошибка, не меняющая этимологии.