Фамилия Харюкова — женская форма, а её мужской вариант, Харюков, образован по типичной русской модели от прозвища или имени Харюк. В основе лежит суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Харюка». Само же слово Харюк — это, скорее всего, уменьшительная или пренебрежительная форма от личного имени Харитон. Харитон в переводе с греческого означает «благодатный», «щедрый», но в народной речи оно сокращалось до Харя, Харюк, Харюня. Таким образом, Харюков — это «потомок Харитона», который в быту звался Харюком.

Есть и другая, более прозаичная версия, которую поддерживают некоторые ономасты. Слово «харя» в русских говорах издавна имело значение «лицо», но часто с оттенком грубости или насмешки — «рожа». Прозвище Харюк могли дать человеку с яркой, запоминающейся внешностью, возможно, с крупными чертами лица. В этом случае фамилия отражает не имя, а внешнюю характеристику предка. Оба объяснения имеют право на жизнь, но первое — от имени Харитон — кажется более распространённым, поскольку уменьшительные формы от канонических имён дали множество фамилий: Харюков соседствует с Харитоновым, Харьковым, Харюшиным.

Географически фамилия Харюкова встречается не повсеместно, а тяготеет к центральным и южным регионам России, особенно к бывшим курским, воронежским и тамбовским землям. Это косвенно указывает на то, что прозвище или имя Харюк бытовало именно в южнорусской диалектной среде. Встречаются единичные случаи написания через «о» — Хорюков, но это, скорее, результат местного аканья, когда безударное «а» стали писать как «о» при оформлении документов.

С точки зрения социального статуса, фамилия Харюков — крестьянская или мещанская. В ревизских сказках и метрических книгах XVIII–XIX веков её носители чаще всего значатся как однодворцы (особая категория служилых людей на южных рубежах) или государственные крестьяне. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано, что говорит о её простонародном, «земном» происхождении — без приставок и гербов, зато с крепкой привязкой к конкретному человеку, которого в своё время прозвали Харюком.