Фамилия Хлопота образована напрямую от прозвища, а не от имени или профессии. В основе лежит древнерусский глагол «хлопотать», который в старину означал не только «суетиться», но и «усердно заниматься делом», «ходатайствовать за кого-то». Смысл прозвища зависел от того, кто и с какой интонацией его давал. В одном случае Хлопотой могли назвать деятельного и рачительного хозяина, который всё успевает и за всем следит. В другом — человека беспокойного, суетливого, который берётся за многое, но создаёт вокруг себя шум и движение. Оба значения уживались в одном слове, и фамилия сохранила эту двойственность.

Интересно, что фамилия Хлопота не имеет типичного для русских фамилий суффикса -ов или -ин. Она застыла в форме самого прозвища, как, например, фамилии Шумило, Гуляй или Несмеян. Такая модель образования встречается реже и часто указывает на то, что прозвище было очень метким и закрепилось за человеком целиком, без переоформления в притяжательное прилагательное. Это делает фамилию Хлопота заметной среди соседних по смыслу Хлопотовых и Хлопоткиных — те как раз образованы через суффиксы и буквально означают «сын Хлопоты». Сама же фамилия Хлопота словно законсервировала живое прозвище предка.

Вероятно, основатель рода жил в среде, где прозвища давали по характеру и поведению, а не по ремеслу. Хлопота не мог быть, скажем, кузнецом или гончаром — иначе фамилия звучала бы иначе. Зато он точно был человеком заметным: его либо ценили за трудолюбие и готовность хлопотать по чужим делам, либо мягко подтрунивали над его манерой всё делать с шумом и спешкой. В северных и сибирских говорах слово «хлопота» могло также означать заботливую хозяйку, поэтому не исключено, что прозвище давали женщине, а фамилию унаследовали дети. Точных исторических записей о первых носителях фамилии не сохранилось, но сам её вид говорит о древности: такие бессуффиксные фамилии чаще всего закреплялись в XV–XVII веках, когда прозвища ещё не превратились в обязательные наследственные именования.