Основой фамилии Хлопотин послужило мирское имя Хлопота. Мирское имя Хлопота образовано от аналогичного существительного со значением «забота, беда, противный случай». Так, нарекая ребенка Хлопотой, родители желали ему удачливой и счастливой судьбы. Не исключено, что фамилия Хлопотин происходит от прозвища Хлопота, которое восходит к глаголу «хлопотать», то есть «беспокоиться о чем-то, суетиться». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Хлопота, со временем получил фамилию Хлопотин.