Фамилия Хлопотников — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована не от имени или профессии, а от внутреннего качества человека, его поведения. В основе лежит слово «хлопотник» — так в старину называли беспокойного, суетливого человека, того, кто постоянно создаёт хлопоты. В словаре Владимира Даля зафиксировано прямое значение: «хлопотник» — хлопотун, человек, который «хлопочет», то есть суетится, хлопочет по дому или по делам, либо же доставляет хлопоты другим. Прозвище Хлопотник мог получить либо непоседливый, деятельный крестьянин, либо, напротив, тот, кто вечно жалуется и создаёт проблемы окружающим.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе «хлопотник» добавили патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность: «сын Хлопотника». Таким образом, Хлопотников буквально значит «потомок человека по прозвищу Хлопотник». Суффикс -ов здесь самый распространённый для фамилий, образованных от существительных мужского рода, оканчивающихся на твёрдый согласный. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), эта модель не вызывает споров.

Интересно, что фамилия имеет точную смысловую параллель — Хлопушин. Слово «хлопуша» в говорах означало того же хлопотуна, но с оттенком простоты и даже грубости. Если Хлопушины чаще встречаются на Дону и в южных регионах, то Хлопотниковы, судя по данным переписей, более характерны для центральной России и Поволжья. Встречается и вариант Хлопотнин — с другим суффиксом, но тем же корнем. Географическая привязка фамилии не слишком широкая: она редкая, не входит даже в первую тысячу самых распространённых русских фамилий, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска.

Версия о происхождении от слова «хлопоты» как заботы самая прямая и правдоподобная. Менее вероятно, хотя и возможно, что прозвище дали человеку, который работал с хлопком или льном (от «хлопок»), но тогда логичнее было бы ожидать фамилию Хлопков или Хлопчатников. В ономастических работах фамилия Хлопотников не упоминается как дворянская или купеческая — скорее всего, её носили крестьяне и мещане, у которых прозвища по характеру были особенно распространены.