Фамилия Хлопотникова образована от прозвища или профессии предка. В её основе лежит слово «хлопотник» — так в русских говорах называли человека, который много хлопочет, суетится, берётся за разные дела. Но у этого слова было и конкретное ремесленное значение: хлопотником могли назвать того, кто занимался очисткой зерна от шелухи, то есть «отхлопывал» его. В этом случае фамилия относится к категории «профессиональных прозвищ» — таких, как Мельников, Кузнецов, Плотников, но с более узкой и редкой специализацией.

Суффикс -ов- в окончании -ова указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Хлопотников — сын Хлопотника. Женская форма Хлопотникова закрепилась как фамилия за женщинами, но исторически она восходит к тому же мужскому прозвищу. Интересно, что в отличие от более частых фамилий на -ин (например, Хлопушин), здесь использован суффикс -ов, что типично для прозвищ, образованных от существительных мужского рода с твёрдой основой.

Географически фамилия Хлопотникова встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях. Это косвенно подтверждает версию о ремесленном происхождении: в тех краях было развито земледелие и обработка зерна. Встречается также вариант Хлопотников (без окончания -а), который более распространён среди мужчин.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «хлопот» — шум, гам, ссора. В таком случае прозвище Хлопотник мог получить человек беспокойный, скандальный. Однако ономасты (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») склоняются к тому, что большинство фамилий на -отник образованы именно от названий занятий, а не от черт характера.

Фамилия не относится к дворянским или купеческим — скорее всего, она крестьянская или мещанская. В документах XVII–XVIII веков люди с такой фамилией записаны как посадские и крестьяне. Прямых указаний на известных носителей в истории нет, но это не редкость для фамилий, возникших из местных ремёсел: они остались в тени более громких родов.