Фамилия Хлюстиков — одна из тех, где этимология не лежит на поверхности, но зато хорошо видна словообразовательная модель. Она образована по стандартной схеме от прозвища или имени Хлюстик с помощью патронимического суффикса -ов, указывающего на принадлежность («чей?» — сын Хлюстика). Значит, ключ к разгадке — в основе «хлюст».

Самая вероятная версия ведёт к диалектному слову «хлюст» или «хлюста». В русских говорах, особенно южных и западных, так называли неопрятного, неряшливого человека, разину, а также того, кто ходит в мокрой, хлюпающей обуви. Глагол «хлюстать» означал «шлёпать по грязи» или «пить, хлебать неаккуратно, с шумом». Прозвище Хлюст давали либо неряхе, либо человеку с небрежной походкой. Уменьшительно-ласкательный суффикс -ик в форме Хлюстик мог смягчать прозвище — так могли называть, например, неопрятного ребёнка или подростка, или же это была ироничная форма, где суффикс не столько уменьшал, сколько указывал на носителя признака в меньшей степени.

Вторая, менее очевидная версия — связь с карточным жаргоном XIX века. «Хлюст» в среде шулеров означало ловкого плута, мошенника, который «хлюстает» (жульничает) в карты. Однако эта версия слабее: для массового возникновения фамилий в среде крестьян и мещан (а Хлюстиковы, скорее всего, именно оттуда) карточная терминология нехарактерна. Прозвище по бытовой черте — неряшливость — гораздо естественнее для деревенского уклада.

Фамилия не относится к числу широко распространённых, но встречается в центральных областях России и в Поволжье. Её однокоренные «родственники» — фамилии Хлюстов, Хлюстин, Хлюст. В написании возможны варианты через «е» (Хлестиков), но они могут восходить уже к другому корню (от «хлестать»). В любом случае, предок носителя фамилии Хлюстиков получил своё прозвище за внешнюю неаккуратность или манеру ходить, а суффикс -ик, скорее всего, указывал на молодость или насмешливое отношение окружающих.