Фамилия Хмарин (а в форме множественного числа — Хмарины) входит в пласт древнейших русских семейных именований, образованных от мирских имен. В дохристианской Руси такие имена давали не при крещении, а в быту, чтобы отличить человека среди односельчан, и они часто отражали черты характера, внешности или обстоятельства появления на свет.

Основа фамилии — мирское имя Хмара, восходящее к нарицательному слову «хмара». В южнорусских и украинских говорах так называют ненастье, пасмурную погоду, тучу. Наиболее вероятное объяснение: имя давали ребенку, родившемуся в хмурый, дождливый день. Подобные «погодные» имена — не редкость: в старину могли назвать Вешняком (родившимся весной) или Морозом. Здесь имя фиксировало не столько личную черту, сколько событие, сопутствовавшее рождению.

Вторая версия выводит прозвище Хмара из переносного значения — так могли назвать угрюмого, невеселого, постоянно хмурого человека. Это типичная модель прозвищ по характеру: сравните фамилии Угрюмов, Недотыкомкин, Мрачковский. В этом случае прозвище закреплялось за взрослым человеком и переходило к его детям.

Существует и третья, охранительная трактовка, которую поддерживают многие ономасты. Называя ребенка Хмарой, родители сознательно давали ему «плохое» имя, чтобы обмануть злых духов: считалось, что дитя с таким именем не заинтересует нечистую силу, а потому вырастет здоровым и веселым вопреки мрачному имени. Подобная практика широко известна: именами Некрас, Неждан, Горе называли детей, желая им противоположной судьбы. Какая из версий верна — сказать трудно, но все три вписываются в традицию русских мирских имен.

Сам словообразовательный тип фамилии — суффикс -ин — указывает на принадлежность: Хмарин означает «сын Хмары», «ребенок Хмары». Это один из самых древних и распространенных способов образования русских фамилий, характерный для имен и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В этом отношении фамилия Хмарин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Путятин, Шемякин, Головин.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и крестьянские фамилии закреплялись позже дворянских, часто лишь в XIX веке. Однако сама основа — имя Хмара — бытовала задолго до этого, что подтверждается и географией: фамилия Хмарин и ее украинский аналог Хмара встречаются в зоне распространения южнорусских говоров, где слово «хмара» было обиходным. Сегодня фамилия остается живым памятником славянской культуры, сохранившим в себе отголосок народных верований и диалектной речи.