Фамилия Ходаковский образована от прозвища Ходок. Даль дает несколько значений нарицательного «ходок»: «быстро ходящий, неутомимый на ходьбу»; «рассыльный, посыльный, пеший гонец»; «нищий»; «волокита». Согласно другой версии, в основе фамилии лежит краткая форма крестильного мужского имени Фаддей, в переводе с греческого означающего «достойный похвалы». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ходок, со временем получил фамилию Ходаковский.