Фамилия Ходакин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Ходакин — буквально «сын Ходаки» или «человек из рода Ходаки». Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Ходака.

Что означало само слово Ходака? Скорее всего, это производное от глагола «ходить». В русских говорах «ходак» или «ходака» — человек, который много ходит, странник, пешеход, а также проситель, ходок по делам (отсюда и «ходок» в значении выборного посланца от крестьянской общины). То есть прозвище мог получить либо непоседливый, подвижный человек, либо тот, кто постоянно ходил с челобитными или по торговым делам. В некоторых диалектах «ходак» — ещё и проворный, ловкий малый.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими корнями, где «хода» (или «худа») означает «бог» или «господин». Однако для фамилии Ходакин эта гипотеза слабая: суффикс -ин типичен для русских фамилий от прозвищ, а не для заимствованных восточных основ, которые чаще давали фамилии на -ов. К тому же форма Ходакин, а не Ходаков, говорит в пользу прозвищного происхождения от слова женского рода — Ходака (сравните: Ходаков от Ходак, но Ходакин от Ходака). В старых документах встречается и то, и другое, но именно вариант на -ин закрепился.

Географически фамилия Ходакин не привязана к какой-то одной области — она встречается и в центральных регионах России, и в Поволжье, и на юге. Это говорит о том, что прозвище было распространённым и не узко локальным. В дореволюционных источниках Ходакины упоминаются среди крестьян и мещан, реже — среди купцов. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Ходяков, Ходаков, Ходоков, — то Ходакин стоит особняком именно из-за суффикса -ин. Все остальные образованы по модели «отца» (Ходак → Ходаков), а Ходакин — от женской или уменьшительной формы. Это редкий случай, когда прозвище в основе оказалось в «женском» варианте, но фамилию носили мужчины.