Фамилия Ходуля — редкая, но прозрачная по смыслу. В её основе лежит слово «ходуля», которое в русских говорах означает «ходули» — приспособления для ходьбы на высоте, а также переносно — «длинноногий, нескладный человек» или «тот, кто ходит медленно, вразвалку». Прямое прозвище могли дать человеку высокого роста, с длинными ногами, чья походка напоминала ходьбу на ходулях. В некоторых диалектах «ходуля» — это ещё и «неповоротливый, неуклюжий человек», так что прозвище могло отражать не только внешность, но и манеру двигаться.

По словообразовательной модели фамилия Ходуля — типичное прозвище, которое перешло в фамилию без дополнительных суффиксов. Такое прямое наследование (без окончаний -ов, -ин, -ский) характерно для украинских и белорусских фамилий, а также для южнорусских говоров. В украинском языке слово «ходуля» имеет те же значения, и фамилия Ходуля встречается в основном на западе Украины, а также в приграничных с ней областях России — Брянской, Курской. В польском языке есть аналогичное «chodula» с тем же смыслом, поэтому не исключено и польское происхождение фамилии, особенно если предки жили на территории бывшей Речи Посполитой.

Вторая, менее очевидная версия связывает фамилию с глаголом «ходить» в значении «быть в ходу, быть известным». Тогда Ходулей могли прозвать бродягу, странника или человека, который много ходит по делам — например, разносчика товаров или почтальона. Однако эта гипотеза слабее, так как для подобного значения в русском языке чаще использовались слова «ходок», «ходун», а не «ходуля». Прямая связь с ходулями как предметом и перенос на внешность выглядит убедительнее и подкрепляется параллельными фамилиями — Ходулин, Ходуленко, Ходульский, где корень тот же, но суффиксы указывают на разные регионы и модели образования.

Фамилия Ходуля не относится к числу дворянских или старых боярских родов — её носителями были крестьяне, ремесленники, казаки. В документах XVII–XVIII веков она почти не встречается, что говорит о её позднем закреплении, скорее всего, в XIX веке, когда фамилии массово давали крепостным и однодворцам. Сегодня фамилия остаётся редкой, но её носители живут не только в России и Украине, но и в Польше, а также в странах, куда эмигрировали в XX веке.