Прозвище Ходун, вероятно, восходит к глаголу «ходить». Вероятно, Ходуном прозвали человека, неутомимого в ходьбе или быстро ходившего. Не исключено и то, что Ходуном прозвали человека, бывшего гонцом, или того, кто был выбран в качестве делегата, просителя, «ходока» в вышестоящие инстанции. Суффикс -енко- указывает на то, что фамилия Ходуненкова сформировалась под украинским влиянием. Фактически фамилия Ходуненков представляет собой отчество второго порядка: Ходуненков - сын Ходуненко и внук Ходуна. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ходун, со временем получил фамилию Ходуненкова.