Фамилия Ходуненкова хранит память о прозвище дальнего предка — Ходун. В его основе лежит древний глагол «ходить», и здесь открывается простор для толкований. Чаще всего Ходуном называли человека неутомимого в ходьбе, того, кто мог преодолевать большие расстояния пешком и славился своей быстротой и выносливостью. Но у этого прозвища есть и другая, не менее интересная грань: в старой Руси «ходоками» именовали выборных людей, которых крестьянская община отправляла с челобитной или прошением к начальству — в вышестоящие инстанции. Так что Ходуном вполне могли прозвать гонца, делегата или просителя, чья роль заключалась в постоянном движении «по делам».

Обратим внимание на суффикс — он рассказывает о географии фамилии. Форма Ходуненкова (а в мужском варианте — Ходуненков) сложилась под украинским влиянием, о чём говорит суффикс -енко. Это не просто отчество, а отчество второго порядка, своего рода «внучество». Сначала был Ходун, его сына величали Ходуненко (то есть «маленький Ходун» или «сын Ходуна»), а вот уже сына самого Ходуненко на русский манер записали как Ходуненкова. Так что цепочка родства выстраивается чётко: Ходун → Ходуненко → Ходуненков.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то бросается в глаза редкая для России форма. Распространённые Ходуновы и Ходунковы встречаются чаще, а вот вариант с -енко выбивается из общего ряда, указывая на украинские корни предка или на то, что фамилия закрепилась на территориях, где смешались русская и украинская традиции имянаречения. Впрочем, со временем суффикс мог «обрусеть», и потомки, перебравшись в великорусские губернии, сохранили уже привычное написание.

Прозвища, образованные от глагола «ходить», были нередки в старину и не всегда несли положительный оттенок. Иногда Ходуном дразнили непоседу, егозу, человека, который не мог усидеть на месте. Но в случае с этой фамилией правдоподобнее выглядит версия о «ходоке» — человеке, который ходил по чужим делам или добивался справедливости для всей общины. Такое прозвище скорее отражало уважение, чем насмешку, ведь ходоком выбирали бойкого и грамотного мужика, умевшего говорить с начальством.